购买的船只主要存放在基地的船坞中，可以通过点击主界面下方的舰队按钮进入编队界面查看。所有已拥有的舰船都会显示包括工程船和战斗舰艇。船坞会按照舰船类型自动分类，方便你快速找到需要的船只。如果船坞空间不足，需要升级基地或扩建港口来增加容量。购买的船只如果是通过蓝图研究获得的，需要先在蓝图界面解锁并生产，完成后会自动加入船坞。
通过联络站购买的船只不会直接出现在船坞，而是需要你手动派遣舰队前往联络站领取。打开星际地图，找到标记为联络站的地点，点击后选择联络功能，然后指派任意一艘舰船执行联络任务。任务完成后，购买的船只就会加入你的舰队列表。需联络站购买的船只通常是固定型号，无法像蓝图舰船那样进行个性化改装，但胜在获取稳定，适合补充特定战术需求。
战斗中损失的船只不会永久消失，但需要返回基地船坞进行维修。维修时间取决于船只类型和损伤程度，可以通过使用动员令加速。如果你的船只被击毁且未及时撤退，系统会在一定时间后自动生成基础型号的替代舰船，比如4艘AC721通用型，帮助你恢复战斗力。记得定期检查舰队状态，避免因船只损坏影响资源采集或战斗任务。
对于高价值舰船如战列巡洋舰或航母，建议将它们编入主力舰队并设置自动维修功能。这些舰船通常指挥值消耗较高，直接编队可能超出上限，但可以通过增援功能突破限制——先派遣5艘小型舰船建立编队，再让大型舰船以增援形式加入。采矿平台或前哨站连接的舰船会显示在对应建筑的驻守舰队栏目中，需要手动调整才能重新编入主力。
如果想长期使用某类舰船，记得优先研究其蓝图并积累技术点，这样新赛季能快速重建舰队。平时多关注同盟共享的舰船支援功能，盟友提供的临时舰船也能帮你渡过资源短缺期。
